劇中では「反物質エンジン」という言葉だけで説明はなかったが、物質と反物質を対消滅させて発生するエネルギーを宇宙船の推進力として使用している。イデを除けば次項の「亜空間飛行」を実現する推力をもたらす唯一の推進器。地球、バッフ・クラン、第6文明のいずれも使っていた。
反物質エンジンの噴射物には反物質が含まれているため、地上など居住地近傍での使用は常識では考えられないとされている。ソロ・シップの反物質エンジンがソロ星地表で作動した際は、樹木や土壌が対消滅していくさまが描写されている。
亜空間飛行（DSドライブ）
本作品世界における超光速航法。亜空間飛行はバッフ・クラン側の呼称。地球側ではDimension Space Drive「DS[デス]ドライブ」と呼ぶ。反物質エンジンで発生させた巨大なエネルギーを推進力として別次元の「亜空間」へ船体を転移、亜空間を経由すると現実空間に対するいわば近道をとることができ、結果として光速を超えて移動することができるという設定。ただし、転移座標（亜空間内での近道のルート）を取ることが困難である。亜空間は進行方向の前後に伸びるチューブ形の空間として描写され、大きな推進力を持たなければ亜空間の外（通常空間）に弾き飛ばされた。亜空間内で進行方向を上下または左右に大きくそれると亜空間内のルートを外れてしまい、予定と全く違う通常空間に出てしまう。逆に許容範囲内であれば亜空間内の座標をずらすことも可能で、コスモたちはそれを利用して第38話では亜空間内で消えたり出現したりして敵を攻撃する戦法をとった。第5～9話の亜空間は無数の人魂が舞い飛ぶような描写だったが、その後は簡素化された。劇場版では青い光がときおり煌めいて流れるような描写となった。亜空間での戦闘は亜空間戦闘・DSファイト（デスファイト）、亜空間からの脱出は亜空間飛行解除・DSブレーキ（デスブレーキ）、DSアウト（デスアウト）と呼ばれる。
加粒子砲（グレンキャノン）
いわゆるビーム砲。地球軍、バッフ・クランともにミサイルと並んで大気圏内外を問わず使用される主力兵器。迎撃から対空、支援と用途は様々だった。ガンド・ロワの基本構造はこれと同じで、エネルギー源の（後方の超新星よりエネルギーを得ている）スケールが異なるだけである。
レーザー剣（ビームソード）
地球、バッフ・クランともに使用する個人用白兵戦兵器。物語の当初からその切れ味の良さは窺い知ることができた。いうなればスター・ウォーズのライトセーバー。重機動メカの武器としては使用されておらず、イデオンソードが唯一の例外となるが、発生原理が異なるため厳密には違うこととなる。
エアガン
劇中ではこの名称は出てこなかったが、地球、バッフ・クランともに使用している無重力空間移動用の個人装備。地球タイプは第13話に初登場。宇宙服の腰に巻くように装備する。腰の後ろにある2本の支持架がスライドして伸び、その先端にボールジョイントで動くノズルがある。バッフ・クランタイプは第15話に初登場。背中に装備して4本のハーネスで固定、胸の部分にも装置がある。両肩から後ろ斜め上方に伸びた支持架の先端にノズルがあり、やはりボールジョイントで自在に動く。操作方法については説明がなかったが、この装備を使用して宇宙空間でかなり自由に活動していた。
マイクロ・ブラックホール
地球の中継基地があった「アジアン星」がバッフ・クランからの「準光速ミサイル」攻撃で全滅しかけた時に出現した兵器である。イデオン腹部にあるシャッターが開き「マイクロ・ブラッホール」が出現、飛来して来る「準光速ミサイル」を撃破（吸い込んだ）した。作品中1度しか使われなかった武器である。
波導ガン
波導ガン（イデオン・ガン）はマイクロ・ブラックホール兵器に指向性を持たせた兵器である。よって劇中では「竜巻」のような表現方法になる。「超重力」力場兵器のため、空間をねじ曲げ通常空間から直接「亜空間飛行」をしている敵艦にも被害を与える事が出来る。なお宇宙戦艦ヤマトの「波動砲」と区別するため「波導ガン」となっている。[要出典]「発動篇」では一貫して「イデオン・ガン」と呼ばれる。
作中の惑星・宙域および生物
ソロ星
登場話：第1～7話。地球から250万光年、アンドロメダ星雲内にある惑星。劇中の第1話の時点で地球人類が植民して2年という設定。地球側の呼び名はアンドロメダA-7ソロ星。バッフ・クラン側の呼び名は「ロゴ・ダウ」。恒星系に惑星はソロ星1つだけで、ソロ星は衛星を2つ持っている。恒星スペクトルの関係で空が地球より緑がかっているという設定。
ソロ星の生物
ソロ星の原生生物はそれに類似の地球の生物の語尾に「ラシキ」を接尾して俗称されることが多い。
リスラシキ：ソロ星原産の栗鼠に似た小動物。双尾。色：薄青、地球のシマリスに似た縞（青色）がある。デクのペットの個有名は「ラパパ」。
トビガエル
トット・ト
ヤヤメガネザル
オヒル
ゴクチョウ
ドモンジ・グワ
タンチョウカ
フトカンムリ・チョウ
スズメラシキ
ソロピン
タカラシキ
カメレオンラシキ
ヘビモドキ
トカゲモドキ
ソロトンボ
ザウルス・スター
登場話：第7～9話。
ソロ・シップがアバデデ隊の攻撃から逃れてたどり着いた惑星。大気は人類、バッフ・クランともに呼吸可能。
ザウルス・スターの生物
地球の恐竜時代の生物に似たものが多い。
フトネルス
祖剣竜
ネッシーラ
祖雷魚
クリスタル・スター
登場話：第9～10話。
ソロ・シップがアバデデ隊との2回目の亜空間戦闘から逃れてたどり着いたバッフ・クラン側がガイラ星域と呼ぶ星域の惑星。惑星のほとんどが金属でできているためか、金属生命体が繁栄しており、惑星表面には繁茂した金属植物で構成されていると見られる外殻が存在する。大気は人類、バッフ・クランともに呼吸に適していない。
数年前にアバデデのガイラ星域調査隊が発見した星だが、バジンを攻撃してしまった為に、全滅に等しい損害を受けた。
クリスタル・スターの生物
身体が金属で構成されており、イオノクラフトで空中を飛翔する種類も存在する。
バジン
クサクサゲラ
モノグサ・ケイソン
ルインズ・スター
登場話：第11～13話。
ソロ・シップが着陸した付近の惑星表面には広範囲にわたって廃墟が存在していたが、生命らしきものは発見されなかった。大気は人類、バッフ・クランともに呼吸可能。
イワラシキ
ハーピング・ストーン
スターダスト
登場話:第13話・第35話
大小多数の小惑星や隕石が流れるアステロイドベルトであり、その多くの隕石が激しい気流で流される為に、宇宙船が航行するには危険すぎる宙域である。
イデオンとソロシップのイデオナイト合金のスペアもここで採取される。
ブラジラー
登場話:第14～15話
アンドロメダ星雲に移民を開始した地球連合軍の前線基地で、基地司令官はカミューラ・ランバン。口を開けた二枚貝のような形状の小惑星の中にドーム型のレクリエーションセンターなどを備えた居住区を持ち、周囲にカルテットのステーションであるクイントで防衛しているが、ジルバル・ドクの隊によって壊滅させられる。
近くの宙域にダボラスターという地球の移民星がある。
猿人の星
登場話：第16～17話。
ソロ・シップが着陸した付近の惑星表面は常に夕暮れのような赤い空の色の下に荒涼とした大地が広がっている。
猿人
ハイエナフウ
アジアン星
登場話：第18話・第37話。
地球人類の植民星。かなりの人口規模を誇っていたようだが、バッフ・クランのギジェ隊による準光速ミサイルの攻撃を受けたために惑星表面はほぼ壊滅。第37話で再度ソロ・シップが立ち寄った際、人口は10万人まで減少していた。
フラッグ・スター
登場話：第19～20話。
ほとんどが水でおおわれており、陸地の存在は描写されていない。惑星表面を覆っている水は比重がかなり高いらしく、人間が難なく浮かぶ。大気は人類、バッフ・クランともに呼吸可能。
シスネイク・ロング
ギロンフィ
ガラドニア・ログ・No24エリア
登場話:第21話
背景の赤い水性調の配色の宇宙が特徴的なバッフ・クラン側が名付けた宙域。
ここでハルルはバッフ・クラン本星帰還への亜空間飛行中に、ソロシップの時空震によってランデブー現象に遭い、戦闘の末に自艦ドロワ・ザンを撃沈され、ダラム・ズバの隊に救助された後、避難した小惑星でデロ・ザンを借りて本星へと帰還する。
キャラル星
登場話：第23～25話。
地球人類の植民星。アジアン星と同様にバッフ・クランのダラム隊による準光速ミサイルの攻撃を受けて壊滅。山岳の地下に設置された軍事基地「スタグラ」が無事だったため、ソロ・シップと協力してダラム隊に反撃する程度の戦力が残っていた。
ニュー エイジ メダリスト スポラ ぽち袋 スモーカー ブックレ リピート ハナイカダ チェーン レーター トゥース フェンス 大蔵大根 ろくまい サンパウロ とわだ シロップ たかね トロライト ブッサ ブレー シュノ ゴツコーラ チューブ インソール シルク 黒かぼ 愛宕柿 モーター ローンチ ゲリララ ヒッコリ ピタ最適 リシック サーチ恋路 オクイ パーカ シンクロ パンチャー バリティー ミャン シート フラン アップ ハンマ ティッシモ デトロ 万寿国 ブルー
（主人公側の）地球
登場話：第26～32話。
コスモたちの所属する地球人類にとっての母星。異星人に母星と悟られぬよう、地下や海中に戦力を隠している。「月」と呼ばれる衛星を一つ持っている。恒星系には6つ以上の惑星が存在する。
第32話で、第六惑星（土星）の輪の一部がイデオンガンで吹き飛ばされた。
ワフト空域（ワフト・エリア）
登場話：第33話。
エネルギー吸収生命体・ヴァンデが無数に生息する宙域。発光星雲に存在していたためか、付近の宇宙の色は大変明るかった。
ヴァンデ
ドウモウ・スター
登場話：第34話。
辺境の惑星。全長数キロメートルにおよぶ巨大な環形生物ドウモウが多数生息する惑星。ソロ・シップが降下した付近の惑星表面には、荒涼たる大地と泥のような水をたたえた海が広がっていた。
ドウモウ
ドウモウ・スターの惑星表面大半を覆う海洋に生息しており、巨大なミミズ状の体をしている。その形状は著名なSF小説シリーズ『デューン／砂の惑星』に登場するシャイ・フルド（サンドワーム）によく似ている。ドウモウ・スターの数少ない陸地に卵を産み、性格は非常におとなしい。
バッフ・クランのハンニバル艦隊に追われたソロ・シップはドウモウ・スターに逃げのびたが、時空の歪みを引き起こすようになっていたイデのパワーにより発見されてしまう。戦闘の最中イデオンのパイロット、コスモはこのおとなしい生き物に被害が及ばないことを祈ったが、爆発に巻き込まれ傷ついてしまったドウモウの雛の純粋な自己防衛本能に共鳴したイデオンはイデオン・ソードを発動、ハンニバル艦隊に所属するギタ・ザンとズロ・ザンを一刀の元に粉砕、旗艦ガドモア・ザンはドウモウに押しつぶされた。イデという無限力がソロ・シップのクルーである地球人類だけではなく、このような野生生物の原始的な意思にも影響されるという、極めて制御困難なものであることが示唆されている。
ナイト・スター
登場話：第35話。
惑星上空を小惑星（スターダスト）がびっしり覆っているため、まるで小惑星の外殻を持っているような構造をしている。大量のスターダストのために、惑星表面には恒星の光は届かない。大気の存在は不明だが、あってもかなり希薄なようで、戦闘でソロ・シップの窓が破損した際、乗員が気圧差のため船外に吸い出される描写がある。スターダストの中に浮かんでいるように見える巨大な衛星を一つ持つ。
ステッキン・スター
登場話：第38話。
辺境の惑星。
ソロ・シップが着陸した付近の惑星表面には高さ数キロメートルに達する巨大な植物ソウソウが生い茂っていた。イデオン・ソードによって両断され、崩壊する。
ソウソウ
因果地平
登場話：第39話 劇場版
ギジェが宇宙の果てと言っていた宙域。劇場版ではイデの発動の後、地球、バッフ・クラン全ての人々の魂が集う場所となった。
ここで産まれたカララとベスの子供、メシアに導かれ、人々の魂は新たな星へと向かっていった。