九州
九州では、濃口でも関東のものに比べ、比較的色は黒く、トップノートの弱い（関東の濃口と比較して「鼻にツンと来ない」と評される）、色や香りに濃厚な風合いが好まれる傾向にある。また、混合醸造方式・混合方式（前述）の比率が比較的高いという特徴もある。甘みやうまみを添加した、どろっとした風合いの「さしみ醤油」も使用される。「さしみ醤油」は、特に脂が多い刺身への「のり」が良いという特徴がある。代表的なメーカーとして、フンドーキン醤油やニビシ醤油、富士甚醤油等がある。
沖縄
沖縄では、古来、うま味を得るためには昆布と魚や豚の出汁を利用することが多く、醤油は代表的な調味料ではなかった。しかし戦後の食文化の変化に伴い、醤油も一般的に用いられている。
沖縄で販売されているものはキッコーマンやヤマサ醤油等、他県産のものが多い。県内には赤マルソウ等、小規模な生産者がある。シークヮーサーを漬け込んだ商品なども人気が高い。
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現在、国内で生産されている醤油の大半が本醸造であり、また濃口が大半を占める。「本醸造」の条件は、大豆、麦、米等の穀物を蒸煮し、麹菌を用いて作成した麹に、塩水または生揚げを混合して発酵・熟成させたものを指す。麹に、蒸した米や甘酒を添加したり、分解を促進するための、セルラーゼ等の酵素を添加することも許されている。ただしプロテアーゼを除く[2]。JAS特級の条件には「本醸造であること」という項目も含まれているため、特級醤油であれば常に本醸造醤油である。