輪作
いくつかの異なる作物を同一圃場で作り回すこと。ヨーロッパの三圃式農業、日本の田畑輪換等がこれに相当する。
全ての原因に対して有効であるが、単一の作物を栽培するのに比べて多くの圃場面積を必要とするほか、作物毎に異なる技術を習得する必要がある。このため、圃場の団地化や、生産組合等による集団栽培などにより、経営効率を高める工夫が求められる。
また、栽培する物を選ぶときには、近縁の作物を避けるなど注意が必要。例えばトマトの後にピーマンやナス（いずれもナス科）を栽培した場合、共通の土壌病害に侵される可能性が高い。
接ぎ木
土壌病害はこの方法で随分回避できる。ただし、接ぎ木面から上部は元の植物体なので、雨などで土壌が跳ね上がるとそこから病気に感染する恐れがある。また、土壌病害以外の原因に対しては効果は低い。
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養液栽培
連作障害の原因物質が蓄積することがない、あるいは蓄積しても培地の交換が容易なので、連作障害を回避しやすい。設備をそろえるのにある程度の投資が必要。
土壌消毒
土壌に燻蒸剤を処理することにより、病原体や害虫を駆除する方法。処理直後は土壌微生物がほぼ全滅しているので、作物の栽培によって病原体や害虫が優先的に増殖し、却って被害が拡大することもある（リサージェンス）ので、前述した有機物の投入などにより、微生物相を回復してから栽培を行うのが望ましい。
近年、燻蒸剤処理の代替方法として、プラスチックフィルムを土壌表面に張り、太陽熱により土壌温度を上昇させて物理的に病原体や害虫を駆除する太陽熱消毒法の普及が進んでいる。